Historien om herregården Rodsteenseje starter i virkeligheden med Danmarks pinefulde nederlag til svenskerne i 1660 i Carl Gustav-krigene. Et mørkt kapitel i kongerigets historie med tab af meget store danske besiddelser til følge; Skåne, Halland, Blekinge og mange andre besiddelser måtte opgives.

Indtil da hed gården Hovedstrup og var den største gård i landsbyen Hovedstrup. De fede jorder syd for Aarhus hørte da under Kronen, og ovenpå det smertelige danske nederlag indgik gården i den store byttehandel (”Roskildefreden”), der i øvrigt også betød at Bornholm forblev dansk.
Fredsaftalen betød bl.a. at kongen måtte frikøbe meget store landbrugsområder for at overdrage dem til svenskerne, og som kompensation for disse afgivelser modtog danske adelsmænd erstatningsgodser.

Rigshofmester Gersdorf, der i øvrigt var hovedarkitekten bag fredsaftalen, fik overdraget størstedelen af det meget store østjyske område Hads Herred som erstatningsgods. Men han døde året efter overdragelsen og en datter, Sophie Amalie Gersdorff, arvede såvel gården som landsbyen Hovedstrup. Men som det sig hør og bør – dengang! – skiftede gården navn efter ”manden i huset”, nemlig Jens Rodsteen. Jens Rodsteen rev Hovedstrupgård ned og byggede lidt syd derfor i 1681 dén hovedbygning vi kender i dag – og kaldte den Rodsteenseje. Den driftige admiral stoppede ikke her, for med kongelig tilladelse rev han i 1682 landsbyen Hovedstrup ned; samtlige gårde og boliger blev jævnet med jorden, der så blev lagt ind under Rodsteenseje. I øvrigt er både Sophie Amalie og Jens Rodsteen begravet i Odder Sognekirke – i et gravkapel Jens selv byggede til kirken.
– Som et kuriosum kan nævnes, at den daværende ejer af Rodsteenseje i 2006 frasolgte 17 ha landbrugsjord til en privat ejendomsudvikler. Jorden er i dag bebygget med boliger – Præstelunden i Odder – udviklet af NODO Arkitekter, Aarhus. Da Moesgaard Museum foretog udgravninger forud for udstykningen fandt man rester af bygninger fra middelalderen: Ja, hos Moesgaard Museum antager man, at det var resterne af “den forsvundne landsby” – Hovedstrup!

Rodsteenseje er i dag ejet af godsejer Johan Koed-Jørgensen, der overtog gården i 2013.
For første gang siden 1660 har Rodsteenseje og Aakær Gods dermed atter samme ejer. Til ejendommen hører bl.a. de arealer som Jens Roedsteen erhvervede frem til sin død i 1707.
I alt dyrkes 290 ha agerjord på noget af Danmarks bedste landbrugsjord. Udover landbrug drives jagt- og udlejningsvirksomhed på Rodsteenseje i dag.